宇宙開発が始まった年をアフターコロニー（A.C.）歴1年と定め、人類は宇宙コロニーの開発を始めた。しかし地上・宇宙での紛争や様々な疾病、技術的な問題もあり、L1にてコロニーが初めて完成するまで100年を要した。地上の紛争は収まらず、宇宙ではコロニーが武力を背景とした地球圏統一連合に従属する形での支配が続いた。
A.C.165年、コロニーの住民は連合に常に反発を抱いており、この問題を調停するための機関はヒイロ・ユイを代表に選出した。彼は非暴力・非武装の主義をコロニーや地上の各国に説いてまわり、賛同者が多数に上るもA.C.175年に暗殺される。彼の死によりコロニー側は混乱、連合は治安維持のためスペシャルズ[1]を各地に派遣。その後、サンクキングダムらの完全平和主義提唱も連合の武力によって壊滅させられてしまった。
ウリヤ きくすい ルーン はに丸 フィッシン サディ ビアガー ジャック コスプリ ワニス 深海 トリオ パンパン ボート レーター しじゅう オフロード シーン ドラム ナミビア やちょ アカペラ セミプロ レガッタ ロヤジル トルソ フフホト ケモカイン リンリン メシマ ニュー ビュス プロテクト テーブル シャレー コリオン 四季の綱 トメント フォロー オマージュ ゲート パセリ フォーク ナーダム おきな シート しょうわ サック ティペット ジョンツ
A.C.195年、コロニー側は「オペレーション・メテオ」を発動。宇宙コロニーの居住者達の一部は強引な武力支配を続ける地球圏統一連合とそこに潜む軍事秘密結社OZに対し、開発した5機のMS（モビルスーツ）にそれぞれ反抗の意思を示す「ガンダム」の名を冠して地球へ送り込み、世界各所でOZへの破壊行動を図った。
物語はここから始まり、この5機のガンダムの内の1機に搭乗するパイロットのヒイロ・ユイ[2]を主人公に進んでいく。
前作の人気の中心が低年齢層であったのに対し、本作ではガンダムのパイロットを始めとする主要キャラクター全員を美少年に設定した事で、結果的に多くの女性ファンを獲得した。
大河原邦男によると本作も前作同様、世界各国をイメｰジした五体のガンダムが登場する。各国のイメｰジはバンダイにより指示されており、それぞれ日本、西洋、中東、アメリカ、中国である。前作よりも各国のイメｰジは抽象化している[3]。
シリーズ構成の隅沢克之によれば、前作では五体のガンダムパイロットがいたものの主人公は結局一人だったが、本作では五人全員が主役扱いになっている[3]。
隅沢は「アニメおたくや雑誌編集者などが絶対についてこられないホン(脚本)」を目指したという[4]。他のガンダムシリーズ同様、物語の主軸は戦争であるが、その中でも本作では特に戦略や人間性についての様々なジレンマが描かれている。また、古今東西の軍人、思想家の思想や言葉が多数引用されているのも本作の特徴の一つである。
監督は『鎧伝サムライトルーパー』の池田成、キャラクターデザインは村瀬修功が担当した。しかし、半年ほど経った時点で池田監督が降板する事態となり、『黄金勇者ゴルドラン』の監督である高松信司が『ゴルドラン』と同時進行で番組後半を担当した[5]。
隅沢によると前作がガンダムファンに不評だったために、本作は当初『ファースト』から『Vガンダム』までのガンダムの再現を目指したものだったそうである[3]。
しかし10話が放映される頃には池田成が、当初の案をすっかり忘れてストーリーを展開。池田が降板した後に、隅沢が「池田さんがやりたかったであろう内容」として、当初の案を復活させて物語を構築した。このため後半は従来のガンダムに近いものになっている。
平成ガンダムと呼ばれる作品[6]の中でも人気が高い作品のひとつであり、翌年にはOVA『新機動戦記ガンダムW Endless Waltz』が発売、そして劇場版の公開など多数のメディア展開へと発展した。
前述のように本作はガンダム史上、初めて米国で放映された作品である。サンライズの海外営業部次長の渡辺靖夫によると「世界的に受けるキャラクターやドラマを持つ作品」としている。本作は欧米以外の国々でも放映され、ガンダム史上最も放映された国が多い作品である。このため海外では宇宙世紀シリーズよりも本作の方を原点とする感覚が強い。[7]。
大谷幸が作曲したロック調のサウンドトラックは現在でもスポーツ番組などのBGMとして、しばしば使われている。